SCIENCE - Bis repetita . Alors même que la 7e vague de Covid-19 semble atteindre un pic en France, les virologues ont les yeux rivés sur l’Inde, où un variant très intrigant a été découvert: BA.2.75 . Comme toujours, s’il attire l’attention des chercheurs, c’est pour plusieurs raisons.

D’abord, car il dispose de mutations sur des zones clés du coronavirus, qui font craindre un échappement immunitaire important, ou encore une meilleure transmissibilité. Ensuite, parce que BA.2.75 semble s’imposer petit à petit en Inde face aux autres variants Omicron dominants. Il est pour autant possible que ce variant n’arrive pas à s’imposer, seuls le temps et le suivi permettront d’en avoir le cœur net.

Mais même si BA.2.75 ne s’impose pas partout dans le monde, il sera suivi de près par les chercheurs. Car ce variant est unique. C’est le premier véritable descendant d’Omicron.

Variant de “seconde génération”

“C’est la première fois qu’on voit émerger un variant de seconde génération, c’est-à-dire dérivant d’un variant déjà préoccupant, BA.2, avec de nombreuses mutations sans explications”, explique au HuffPost , Étienne Simon-Lorière, responsable de l’unité Génomique évolutive des virus à ARN à l’Institut Pasteur.

Jusqu’alors, tous les variants qui se sont imposés étaient indépendants les uns des autres. Omicron n’était pas le descendant de Delta, qui n’était pas non plus le successeur d’Alpha. “Jusqu’ici, les variants apparaissaient sans que l’ancêtre le plus proche soit connu, presque tous revenaient à un ancêtre commun se rapprochant de la souche originelle de 2019”, rappelle le microbiologiste.

C’est également le cas de BA.2 et BA.5. Si le terme “sous-lignage” peut faire croire que ces variants, qui se sont imposés en France sont des descendants de l’Omicron originel, qui a provoqué l’énorme vague de cas en janvier, il n’en est rien. “Aucun de ces variants ne découle des autres. On pense qu’il existe un réservoir commun dans lequel se sont développées ces différentes versions d’Omicron”, détaille Étienne Simon-Lorière.

L’hypothèse la plus probable, c’est qu’une ou plusieurs personnes immunodéprimées ont été infectées il y a longtemps par une version antérieure du coronavirus qui a eu le temps de muter pendant des mois, jusqu’à acquérir par hasard un ensemble de mutations permettant au virus d’infecter mieux et différemment les humains, notamment ceux vaccinés ou déjà contaminés. Dans cet (ou ces) hôte, le virus a continué de muter, produisant BA.1, BA.2, BA.3, BA.4, BA.5… bref, tous les “sous-variants” d’Omicron.

Un échappement immunitaire différent

La grande nouveauté de BA.2.75, c’est donc qu’il descend directement d’un variant préoccupant, BA.2. “On a ici la confirmation que le virus peut encore changer de beaucoup de façons, y compris après s’être engagé dans une voie très précise”, précise le microbiologiste. “Cela nous montre la plasticité du Sars-Cov2 et qu’on est loin d’en être débarrassé”.

Si la survenue de BA.2.75 est une mauvaise nouvelle théorique, son impact réel reste à démontrer. Au vu du profil des mutations, notamment celles sur la protéine Spike qui permet au virus de pénétrer dans nos cellules, il y a un risque. “Il y a de bonnes chances que ce variant dispose d’un profil d’échappement immunitaire différent de BA.5, ce qui veut dire qu’une fraction différente de la population pourrait être plus susceptible d’être réinfectée”, note Étienne Simon-Lorière.

Du côté des bonnes nouvelles par contre, même si BA.2.75 s’impose et domine la probable vague qui touchera l’Europe entre l’automne et l’hiver, cela ne veut pas dire qu’il sera plus sévère. “Avec ces changements dans le génome du virus, on ne s’attend pas à voir d’échappement contre les formes sévères, ce qui veut dire que les vaccins seront toujours aussi efficaces”, espère le microbiologiste.

Une dominance qui reste à prouver

Reste à savoir si BA.2.75 s’imposera effectivement. Pour le moment, moins de 200 génomes ont été séquencés, majoritairement en Inde. De nombreuses analyses montrent que ces séquences se multiplient et pourraient signifier que ce sous-lignage a un avantage compétitif par rapport aux autres.

Cela ne veut pas dire que BA.2.75 va prendre le pas sur les autres versions du coronavirus. D’abord, comme toujours, la multiplication de ce variant peut être liée à la chance, avec par exemple un événement superpropagateur qui décuple le nombre de cas.

Ensuite, il est possible que ce variant s’impose en Inde, mais pas ailleurs, pour de multiples raisons. On peut notamment citer le fait que le variant dominant en Inde soit BA.2. Il serait donc possible que ce nouveau lignage ait un avantage sur BA.2 (qui a relancé la vague de cet hiver en France), mais que sa transmission soit moindre que BA.5, qui est devenu le variant dominant dans l’Hexagone.

“Les mois à venir devraient nous montrer, en Inde et dans d’autres régions, si BA.2.75 a un avantage sur BA.5. Pour l’instant, le nombre de séquences est trop faible et les données trop éparses”, explique Étienne Simon-Lorière. “Si BA.2.75 finit par s’imposer, il serait logique que le schéma soit similaire à ce qu’il s’est passé pour Delta”.

L’année dernière, à peu près à la même période, l’Inde était touchée par une importante vague de Covid-19, portée en partie par l’émergence d’un variant plus contagieux et plus sévère, le variant Delta. Il a ensuite dominé le monde, d’abord par les pays ayant des liens importants avec l’Inde, comme le Royaume-Uni, puis s’est imposé en France quelques semaines plus tard. Aujourd’hui, une dizaine de cas de BA.2.75 ont été séquencés outre-Manche. L’évolution de la situation chez nos voisins dans les semaines à venir permettra très probablement de prédire ce qui se passera ensuite en France cet hiver.

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COVID-19 - La 7e vague est-elle en train de refluer? “Il faut rester très prudents”, a souligné le nouveau ministre de la Santé , François Braun, ce mercredi 13 juillet sur RTL. Mais quelques jours après une envolée du nombre de cas , “il semblerait que nous atteignions très probablement le pic” des contaminations, a souligné l’ancien médecin urgentiste , avant de mettre en garde: “On ne sait pas si ça va être un long plateau prolongé ou si ça va descendre.”

Pour faire le point sur l’évolution de cette 7e vague, portée par les variants BA.4 et BA.5, Le HuffPost , vous propose de regarder les derniers chiffres du Covid-19 , mais surtout leur évolution en cartes et en courbes. Un point important à bien avoir en tête avant de poursuivre votre lecture: les données sont toujours publiées dans la soirée. Ainsi, les chiffres à jour ce mercredi 13 juillet sont ceux publiés la veille, soit mardi 12 juillet.

Il faut également savoir que ce ne sont pas les chiffres du jour, mais ceux à J-1 pour le nombre d’hospitalisations et le nombre de nouveaux cas confirmés. Pour l’incidence et le taux de positivité, ce sont les chiffres du dépistage à J-3 (à la date de réalisation du test) qui sont utilisés.

Suivi de l’incidence et des réanimations

Le nombre de cas, et donc le taux d’incidence, reste élevé en cette mi-juillet. Mardi 12 juillet, la Direction générale de la Santé recensait 182.006 nouveaux cas. Mais c’est moins que le mardi précédent, avec le record de 206.554 cas enregistrés.

Ainsi, si l’on regarde la moyenne sur une semaine (la courbe bleue), on voit qu’elle commence à s’orienter à la baisse, avec 127.174 cas recensés au 13 juillet. Ce chiffre est en baisse pour la troisième journée consécutive.

Les chiffres à J-1 sont pratiques pour suivre au plus près l’évolution de l’épidémie, mais sont susceptibles de varier d’une semaine à l’autre en fonction de la rapidité de remontée des résultats.

Pour bien s’assurer des tendances, il est préférable de regarder les données publiées par Santé Publique France, qui montrent le nombre de cas à la date du dépistage, avec un retard de trois jours.  C’est notamment à partir de ces données qu’il faut regarder l’évolution du taux d’incidence. Comme prévu, on commence à apercevoir un léger tassement, suivant l’évolution du nombre de cas recensés.

Le graphique ci-dessous, en plus de l’incidence, permet d’analyser en un coup d’œil la situation des différents indicateurs de suivi du Covid-19.

Comme on peut le voir, l’ensemble des indicateurs commencent toujours juste à se stabiliser ou sont encore en hausse pour ce qui concerne les hospitalisation. Vers un pic ou un plateau? Impossible de le savoir à ce stade.

Signification des différents indicateurs

• Taux d’incidence : c’est le nombre de cas détectés pour 100.000 habitants. Il est très utile, car il donne un état des lieux de l’épidémie en quasi-temps réel (quelques jours de décalage pour l’apparition des symptômes, voire avant leur apparition pour les cas contacts). Mais il est dépendant des capacités de dépistage.
• Taux de positivité : c’est le nombre de tests positifs par rapport aux tests totaux effectués. Il permet de “contrôler” le taux d’incidence. S’il y a beaucoup de cas dans un territoire (taux d’incidence), mais que cela est uniquement dû à un dépistage très développé, le taux de positivité sera faible. À l’inverse, s’il augmente, cela veut dire qu’une part plus importante des gens testés sont positifs, mais surtout que les personnes contaminées qui ne sont pas testées, qui passent entre les mailles du filet, sont potentiellement plus nombreuses. Pour autant, cette dynamique est rendue difficile à lire depuis la généralisation des autotests, non-comptabilisés.
• Taux d’occupation des lits de réanimation par des patients Covid-19 : C’est un chiffre scruté, car il permet de savoir si les hôpitaux sont capables de gérer l’afflux de patients. Il est très utile, car il y a peu de risque de biais: il ne dépend pas du dépistage et les occupations de lits sont bien remontées aux autorités. Son désavantage: il y a un délai important entre la contamination et le passage en réanimation, d’environ deux à trois semaines.
• Entrées en réanimation et nouvelles hospitalisations : moyenne lissée sur 7 jours des personnes entrant à l’hôpital
• Décès à l’hôpital : Comme les réanimations, c’est un indicateur plutôt fiable, mais avec un délai important.
• R effectif : cet indicateur représente le “taux de reproduction du virus” réel, c’est-à-dire le nombre de personnes infectées par un cas contagieux. Il est calculé par des épidémiologistes et a lui aussi un délai important.

La progression des variants BA.4 et BA.5

Cette 7e vague est, comme toutes les autres, multifactorielle. Pour autant, les coupables principaux sont tout désignés: BA.4 et (surtout) BA.5, les sous-variants d’Omicron. Depuis le mois de mai, ils progressent lentement en France, prenant petit à petit le pas sur BA.2, la version qui était dominante jusqu’alors.

Mais comme le montre le graphique ci-dessous, BA.4 et BA.5, même s’ils explosent et s’imposent en France, ne sont pas les seuls fautifs. Les cas soupçonnés d’être liés au variant BA.2 ne baissent plus depuis début juin, voire augmentent doucement à nouveau.

La piste principale des épidémiologistes: la baisse de notre immunité face à l’infection, qu’elle provienne du vaccin, de la maladie ou des deux cumulés.

Les entrées à l’hôpital et en réanimation

La 7e vague est encore là, mais ce qui compte, c’est de savoir si ces indicateurs vont baisser et à quelle vitesse. Pour comprendre, il est important de regarder la vitesse de croissance ou de décroissance des cas et des indicateurs hospitaliers, en observant l’évolution sur une semaine, en pourcentage, de ces chiffres:

Si le taux d’incidence recule nettement depuis une semaine et le taux de positivité se stabilise, on voit que le nombre de personnes hospitalisées (le stock) continue d’augmenter de plus de 10% par jour depuis le début du mois de juillet. Le nombre de personnes admises en réanimation a connu une accélération au cours des derniers jours.

Il est important de préciser que pour les réanimations, mais surtout pour les hospitalisations conventionnelles, une part non négligeable de patients sont hospitalisés pour une autre pathologie, mais sont positifs au Covid-19, comme on peut le voir ci-dessous.

Avant le mois de janvier, la part de ces personnes hospitalisées avec Covid était faible, mais comme on le voit, elle a explosé avec Omicron et ses sous-variants. Attention, le fait de ne pas être hospitalisé pour Covid ne veut pas dire que la maladie ne peut pas aggraver la situation du malade.

Carte du taux d’incidence par départements

Si l’on regarde l’évolution de l’épidémie de manière plus locale, on voit que l’incidence augmente dans tous les départements, à l’exception de Paris et des Hauts-de-Seine.

Avec les vacances d’été, la circulation du virus dans les zones très touristiques devra être surveillée de près. Comme on peut le voir ci-dessous, le taux d’incidence est surtout élevée en Île-de-France et sur la façade atlantique.

Le graphique ci-dessous permet d’analyser plus en détail la situation dans votre département (y compris dans les départements et régions d’outre-mer).

La carte du taux d’occupation en réanimation

Entre la campagne de vaccination et l’immunité acquise dans les précédentes vagues, la proportion de formes graves est plus faibles que pour les premières vagues du Covid-19. Le graphique ci-dessous permet de s’en rendre compte. Il compare le nombre actuel de cas, hospitalisations et réanimations par rapport au maximum de chacun de ces indicateurs en novembre dernier.

Avec Omicron en janvier, le nombre de cas a explosé le record de la deuxième vague, mais les hospitalisations ont simplement été égalées. Quant aux réanimations, elles n’ont pas dépassé les 80% de l’ampleur de la deuxième vague.

Mais si le taux d’occupation des services de réanimation est pour l’instant faible , cet indicateur reste à surveiller de près, alors que l’hôpital est en crise et se prépare à un été particulièrement tendu dans les services d’urgence.

A voir également sur Le HuffPost: Avec la 7e vague de Covid, remettre le masque dans ces lieux est une bonne idée

SCIENCE - Jusqu’où va-t-elle monter, et avec quelles conséquences? Après une forte baisse des contaminations pendant plusieurs semaines, la 7e vague de Covid-19 est bel et bien là. Le nombre de cas en France repart à la hausse depuis début juin, entraînant derrière lui une hausse des indicateurs hospitaliers.

Pour bien suivre l’évolution de cette 7e vague, portée par les variants BA.4 et BA.5, ainsi que par la baisse de notre immunité, Le HuffPost , vous propose de regarder les derniers chiffres du Covid-19 , mais surtout leur évolution en cartes et en courbes. Un point important à bien avoir en tête avant de poursuivre votre lecture: les données sont toujours publiées dans la soirée. Ainsi, les chiffres à jour ce vendredi 1er juillet sont ceux publiés la veille, soit jeudi 30 juin.

Il faut également savoir que ce ne sont pas les chiffres du jour, mais ceux à J-1 pour le nombre d’hospitalisations et le nombre de nouveaux cas confirmés. Pour l’incidence et le taux de positivité, ce sont les chiffres du dépistage à J-3 (à la date de réalisation du test) qui sont utilisés.

Suivi de l’incidence et des réanimations

Le nombre de cas, et donc le taux d’incidence, est en forte hausse depuis la mi-juin. Vendredi 1er juillet, la Direction générale de la Santé recensait 133.346 nouveaux cas, contre 79.852 une semaine plus tôt.

Si l’on regarde la moyenne sur une semaine (la courbe bleue), on voit qu’elle augmente fortement, avec 92.773 cas recensés contre 57.943 le 22 juin.

Les chiffres à J-1 sont pratiques pour suivre au plus près l’évolution de l’épidémie, mais sont susceptibles de varier d’une semaine à l’autre en fonction de la rapidité de remontée des résultats.

Pour bien s’assurer des tendances, il est préférable de regarder les données publiées par Santé Publique France, qui montrent le nombre de cas à la date du dépistage, avec un retard de trois jours.

C’est notamment à partir de ces données qu’il faut regarder l’évolution du taux d’incidence. Comme prévu, on voit que celui-ci est en croissance exponentielle, suivant très clairement l’évolution du nombre de cas recensés.

Le graphique ci-dessous, en plus de l’incidence, permet d’analyser en un coup d’oeil la situation des différents indicateurs de suivi du Covid-19.

Comme on peut le voir, tous les chiffres sont soit en hausse, soit en stagnation. La baisse est belle et bien finie.

Signification des différents indicateurs

• Taux d’incidence : c’est le nombre de cas détectés pour 100.000 habitants. Il est très utile, car il donne un état des lieux de l’épidémie en quasi-temps réel (quelques jours de décalage pour l’apparition des symptômes, voire avant leur apparition pour les cas contacts). Mais il est dépendant des capacités de dépistage.
• Taux de positivité : c’est le nombre de tests positifs par rapport aux tests totaux effectués. Il permet de “contrôler” le taux d’incidence. S’il y a beaucoup de cas dans un territoire (taux d’incidence), mais que cela est uniquement dû à un dépistage très développé, le taux de positivité sera faible. À l’inverse, s’il augmente, cela veut dire qu’une part plus importante des gens testés sont positifs, mais surtout que les personnes contaminées qui ne sont pas testées, qui passent entre les mailles du filet, sont potentiellement plus nombreuses. Pour autant, cette dynamique est rendue difficile à lire depuis la généralisation des autotests, non-comptabilisés.
• Taux d’occupation des lits de réanimation par des patients Covid-19 : C’est un chiffre scruté, car il permet de savoir si les hôpitaux sont capables de gérer l’afflux de patients. Il est très utile, car il y a peu de risque de biais: il ne dépend pas du dépistage et les occupations de lits sont bien remontées aux autorités. Son désavantage: il y a un délai important entre la contamination et le passage en réanimation, d’environ deux à trois semaines.
• Entrées en réanimation et nouvelles hospitalisations : moyenne lissée sur 7 jours des personnes entrant à l’hôpital
• Décès à l’hôpital : Comme les réanimations, c’est un indicateur plutôt fiable, mais avec un délai important.
• R effectif : cet indicateur représente le “taux de reproduction du virus” réel, c’est-à-dire le nombre de personnes infectées par un cas contagieux. Il est calculé par des épidémiologistes et a lui aussi un délai important.

La progression des variants BA.4 et BA.5

Cette 7e vague est, comme toutes les autres, multifactorielle. Pour autant, les coupables principaux sont tout désignés: BA.4 et (surtout) BA.5, les sous-variants d’Omicron. Depuis le mois de mai, ils progressent lentement en France, prenant petit à petit le pas sur BA.2, la version qui était dominante jusqu’alors.

Mais comme le montre le graphique ci-dessous, BA.4 et BA.5, même s’ils explosent et s’imposent en France, ne sont pas les seuls fautifs. Les cas soupçonnés d’être liés au variant BA.2 ne baissent plus depuis début juin, voire augmentent doucement à nouveau.

La piste principale des épidémiologistes: la baisse de notre immunité face à l’infection, qu’elle provienne du vaccin, de la maladie ou des deux cumulés.

Les entrées à l’hôpital et en réanimation

La 7e vague est bien là, mais ce qui compte, c’est jusqu’où vont monter ces indicateurs et à quelle vitesse. Pour comprendre, il est important de regarder la vitesse de croissance ou de décroissance des cas et des indicateurs hospitaliers, en observant l’évolution sur une semaine, en pourcentage, de ces chiffres:

Si les taux d’incidence et de positivité ainsi que les entrées à l’hôpital augmentent fortement (entre 30 et 60% ces derniers jours), on voit que le nombre de personnes hospitalisées ou en réanimation (le stock) augmente bien plus faiblement, avec des hausses de 9,2% et 10,7%. Mais cette croissance est de plus en plus importante de jour en jour.

Il est important de préciser que pour les réanimations, mais surtout pour les hospitalisations conventionnelles, une part non négligeable de patients sont hospitalisés pour une autre pathologie, mais sont positifs au Covid-19, comme on peut le voir ci-dessous.

Avant le mois de janvier, la part de ces personnes hospitalisées avec Covid était faible, mais comme on le voit, elle a explosé avec Omicron et ses sous-variants. Attention, le fait de ne pas être hospitalisé pour Covid ne veut pas dire que la maladie ne peut pas aggraver la situation du malade.

Carte du taux d’incidence par départements

Si l’on regarde l’évolution de l’épidémie de manière plus locale, on voit que l’incidence augmente dans tous les départements.

Avec l’arrivée des vacances d’été, la circulation du virus dans les zones très touristiques devra être surveillée de près. Comme on peut le voir ci-dessous, le taux d’incidence est surtout élevée en Île-de-France et sur tout les pourtours méditerranéen et atlantique.

Le graphique ci-dessous permet d’analyser plus en détail la situation dans votre département (y compris dans les départements et régions d’outre-mer).

La carte du taux d’occupation en réanimation

Entre la campagne de vaccination et l’immunité acquise dans les précédentes vagues, la proportion de formes graves est plus faibles que pour les premières vagues du Covid-19. Le graphique ci-dessous permet de s’en rendre compte. Il compare le nombre actuel de cas, hospitalisations et réanimations par rapport au maximum de chacun de ces indicateurs en novembre dernier.

Avec Omicron en janvier, le nombre de cas a explosé le record de la deuxième vague, mais les hospitalisations ont simplement été égalées. Quant aux réanimations, elles n’ont pas dépassé les 80% de l’ampleur de la deuxième vague.

Mais si le taux d’occupation des services de réanimation est pour l’instant faible , cet indicateur reste à surveiller de près, alors que l’hôpital est en crise et se prépare à un été particulièrement tendu dans les services d’urgence.

A voir également sur Le HuffPost: Avec la 7e vague de Covid, remettre le masque dans ces lieux est une bonne idée

SCIENCE - Il y a un mois, la France dénombrait moins de 20 cas quotidiens de Covid-19 . Ce vendredi 24 juin, plus de 50.000 tests positifs sont recensés chaque jour, selon les derniers chiffres de Santé publique France, avec une hausse de 50% sur une semaine.

Cette 7e vague de Covid-19, portée notamment par le sous-variant d’Omicron BA.5 et la baisse de l’immunité face à l’infection, a lieu alors que quasiment toutes les restrictions liées à l’épidémie ont été levées. La plus emblématique, le port du masque obligatoire, n’existe plus depuis le 16 mai, sauf dans les hôpitaux.

Mais, comme expliqué dans la vidéo en tête de l’article, ce n’est pas parce qu’une mesure n’est plus obligatoire qu’il ne faut pas s’y conformer. De nombreuses études ont montré que le masque, notamment le FFP2, permettait de diminuer le risque d’infection et de freiner la propagation de l’épidémie.

Le Monsieur vaccin du gouvernement, Alain Fischer, a estimé que le retour du masque dans les transports doit être “sérieusement” envisagé. Difficile de savoir avec certitude à quel point une telle mesure freinerait l’épidémie. Le Portugal, où BA.5 s’est implanté plus tôt, a connu ces dernières semaines une vague épidémique alors que le port du masque restait obligatoire dans les transports (mais venait d’être levé dans les lieux publics).

Comme le rappelle le graphique ci-dessous, pour endiguer le Covid-19, aucune mesure n’est efficace à 100%. C’est un assemblage d’entre-elles qui, cumulées, permettent d’endiguer l’épidémie.

Mais quoi qu’il en soit sur l’efficacité générale du seul port du masque pour juguler l’épidémie, son utilisation au bon moment à titre individuelle doit être rappelée car elle peut vous protéger mais, surtout, protéger les autres. Notamment dans les lieux les plus propices au coronavirus: les espaces fermés, peu aérés, où de nombreuses personnes sont présentes et où l’on reste longtemps.

Et évidemment, si vous êtes cas contact ou que vous avez des symptômes (au choix mal de gorge, toux, nez qui coule, fatigue, fièvre), ce petit inconfort est d’autant plus recommandé pour protéger les gens que vous croisez.

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SCIENCE - Après la vague abstentionniste, la France va être touchée par une nouvelle vague de Covid-19 . Depuis début juin les chiffres de suivi de l’épidémie semblaient repartir à la hausse, portés par le sous-variant d’Omicron, BA.5. Ces derniers jours confirment clairement la reprise épidémique en France, mais également chez nos voisins européens.

Alors même que l’été commence ce mardi 21 juin, on dénombre quelque 45.000 cas testés positifs au coronavirus chaque jour. Si la croissance de l’épidémie continue sur le même chemin (50% d’augmentation par semaine), la barre des 100.000 cas devrait être atteinte au début des vacances scolaires.

Restent deux questions. D’abord, quel sera le pic de cette 7e vague de Covid-19? Et ensuite, quel en sera l’impact sanitaire, alors que l’hôpital en crise se prépare à un été extrêmement tendu?

Hausse des cas et des hospitalisations

Le graphique ci-dessous résume l’évolution des principaux indicateurs permettant de suivre les chiffres du Covid-19 en France. Des cas positifs au taux de positivité en passant par les entrées à l’hôpital, tous sont en hausse, à l’exception des décès et du taux d’occupation des services de réanimation.

La nouveauté depuis lundi 20 juin: le nombre de personnes actuellement hospitalisées en étant positif au Covid-19 est maintenant en hausse sur une semaine. Comme on peut le voir sur le graphique ci-dessous, la croissance des cas positifs est de 50% sur sept jours, soit un doublement de l’épidémie tous les 12 jours.

Pour l’instant, la croissance à l’hôpital est plus faible. Logique: d’abord, il y a toujours un délai entre l’infection et le développement d’une forme grave de la maladie. Ensuite, la vaccination et les infections passées ont amélioré notre protection contre les formes graves.

Il sera également important de scruter la part de personnes positives au Covid-19, mais hospitalisées pour un autre problème. Cela concerne actuellement 43% des hospitalisations, selon Santé publique France.

Enfin, comme on peut le voir sur la carte ci-dessous, si le niveau de croissance du coronavirus n’est pas le même partout, le taux d’incidence (nombre de cas pour 100.000 habitants) est en hausse dans tous les départements métropolitains.

Les variants BA.5 et BA.4 majoritaires

Quant à comprendre à quoi est due cette énième vague, difficile d’avoir des certitudes. Le relâchement des gestes barrière et la fin des dernières restrictions, avec la levée du port du masque dans les transports, ont certainement augmenté le nombre de contacts à risque, et donc facilité la propagation du virus.

Mais il y a surtout d’autres responsables. Il y a d’abord l’émergence de sous-variants d’Omicron. Cet hiver, le tsunami Omicron avait été suivi par une plus petite vague de contaminations , portée principalement par le relâchement des restrictions couplé à la survenue de BA.2, un sous-variant d’Omicron plus contaminant.

Depuis début mai, deux autres sous-variants sont en train de s’imposer en France: BA.4 et BA.5. Détectés tous les deux pour la première fois en Afrique du Sud (où Omicron a également été séquencé en premier), ces deux variants ont un avantage sur les précédentes versions d’Omicron. Selon les dernières données de séquençage disponibles, BA.5 représente 24% des cas et BA.4 3,7%. Tous les deux sont en augmentation, de même qu’un autre sous-variant présent notamment aux États-Unis, BA.2.12.1.

Mais le séquençage prend du temps, et la dernière analyse porte sur les contaminations datant de début juin. Il est possible, via le criblage des tests, de détecter plus rapidement une suspicion d’infection aux sous-variants BA.5 et BA.4, qui ont tous les deux une mutation en commun par rapport à BA.1 et BA.2, les formes d’Omicron dominantes en France.

Selon les dernières données (17 juin), BA.4 et BA.5 représentent plus de 60% des contaminations.

Mais la capacité de ces cousins d’Omicron premier du nom à échapper à l’immunité ou à être plus contagieux ne suffit pas à expliquer cette 7e vague. Pour les épidémiologistes Samuel Alizon et Mircea Sofonea, interrogés par The Conversation , la baisse de notre immunité (au moins face aux formes légères du Covid-19) rentre aussi en jeu.

“BA.4 et BA.5 se propagent à la faveur du vieillissement de notre immunité, et le font plus rapidement que BA.2, car ils bénéficient d’un double avantage de contagiosité et d’échappement immunitaire. BA.4 et BA.5 induisent donc une vague plus tôt que BA.2 ne l’aurait fait”, expliquent-ils.

Si l’on décompose le nombre de cas quotidien en fonction de la progression des variants BA.4 et BA.5, on voit effectivement l’avantage de ces derniers. Mais on remarque également que la décroissance des cas de BA.2 s’est stoppée depuis la fin mai et qu’un plateau se dessine, probablement provoqué par la baisse de notre immunité face à l’infection.

Une hausse chez nos voisins européens

Cette situation n’est pas limitée à la France. Ces derniers jours, l’épidémie de coronavirus a arrêté de baisser chez la plupart de nos voisins européens, voire est repartie à la hausse, comme le montre le graphique ci-dessous.

Reste maintenant à savoir jusqu’où va monter cette 7e vague et où se situera le pic. En Afrique du Sud, où ont été détectés BA.4 et BA.5 pour la première fois, cette vague qui a suivi celle d’Omicron a atteint son maximum en un peu moins d’un mois. Au Portugal, premier pays européen touché par ces sous-variants, cela a pris un peu plus d’un mois.

Mais difficile de faire des projections sur la France. En effet, ces deux pays n’ont pas connu de rebond épidémique lié à BA.2. Or, le génome de BA.4 et BA.5 est plus proche de celui-ci que de BA.1 (la première version d’Omicron). Il est donc possible qu’une personne infectée par BA.2 soit protégée un peu plus longtemps face à ces nouveaux coronavirus qu’une personne simplement vaccinée ou contaminée lors de la première vague d’Omicron.

De plus, l’impact des températures estivales pourrait limiter la propagation du virus, notamment en augmentant les contacts à l’extérieur, moins propice à l’infection qu’une réunion en intérieur. Pour autant, des vagues ont déjà eu lieu pendant l’été depuis deux ans.

Surtout, l’impact hospitalier qui découlera de cette vague de cas est très difficile à anticiper. Il dépendra à la fois de l’immunité face aux formes graves induites par les vaccins et les infections antérieures, mais également du nombre de personnes contaminées.

Le graphique ci-dessous montre que la vague hospitalière en Afrique du Sud a été limitée par rapport à la précédente, alors qu’au Portugal elle est très similaire.

Pour autant, le taux de positivité au Portugal a explosé à 50% (un test sur deux positif), alors qu’il n’a pas dépassé les 25% en Afrique du Sud. Un indice qui suggère que la vague d’infections portugaise est bien plus importante que le nombre de cas recensés.

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SCIENCE - Il n’y a pas que les températures qui grimpent à l’approche de l’été. Depuis plusieurs jours, la courbe des contaminations dues au coronavirus a arrêté de chuter. Le nombre de cas quotidien de Covid-19 repart même à la hausse, même si la tendance est difficile à bien percevoir avec les jours fériés qui faussent le dépistage.

Ce samedi 11 juin, cela fait déjà trois jours que le nombre de tests positifs quotidiens dépasse les 40.000, faisant craindre une 7e vague de coronavirus dans l’Hexagone, selon les données de la Direction générale de la santé. Des chiffres en hausse de 30% en moyenne depuis une semaine, comme on peut le voir sur les graphiques ci-dessous.

Évidemment, il faudra suivre l’évolution dans les jours à venir. D’autant que les nombreux jours fériés impliquent des variations qui impactent les chiffres quotidiens, mais aussi les moyennes. Dans les chiffres lissés sur 7 jours de Santé publique France (qui répertorie les cas positifs en fonction du jour du test avec un délai supplémentaire) on pense déceler une baisse, qui est en réalité due au lundi 6 juin férié.

Quoi qu’il en soit, on voit bien que la tendance est plutôt au plateau, voire à la hausse. Même chose pour les courbes des hospitalisations. Le taux de positivité, lui, a augmenté de deux points en deux semaines.

Si certains départements, notamment en Île-de-France, sont plus touchés que d’autres, on voit bien dans la carte ci-dessous que l’épidémie est en croissance dans la majorité des territoires métropolitains.

Épiphénomène ou début d’une 7e vague importante? Il est trop tôt pour le dire, mais il est fort probable que le nombre de cas continue de progresser ces prochains jours. Quant aux causes, elles sont multiples, mais l’un des principaux coupables est un variant, encore une fois. Ou plutôt deux sous-variants d’Omicron, BA.4 et BA.5, qui ont déjà provoqué des vagues de contaminations importantes dans d’autres pays.

BA.5 et BA.4 s’imposent en France

Cet hiver, le tsunami Omicron avait été suivi par une plus petite vague de contaminations , portée principalement par le relâchement des restrictions couplé à la survenue de BA.2, un sous-variant d’Omicron plus contaminant.

Depuis début mai, deux autres sous-variants sont en train de s’imposer en France: BA.4 et BA.5. Détectés tous les deux pour la première fois en Afrique du Sud (où Omicron a également été séquencé en premier), ces deux variants ont un avantage sur les précédentes versions d’Omicron.

“Probablement grâce à leur capacité à échapper à une immunité acquise par une infection et/ou la vaccination, notamment si celle-ci a diminué avec le temps”, note le Centre européen de contrôle des maladies (ECDC) dans un rapport du 13 mai.

En France, 18% des contaminations pour lesquelles le génome du coronavirus est séquencé sont liées à BA.5, selon Santé publique France. Mais le séquençage prend du temps et la dernière analyse porte sur les contaminations antérieures au 23 mai.

Il est possible, via le criblage des tests, de détecter plus rapidement une suspicion d’infection aux sous-variants BA.5 et BA.4, qui ont tous les deux une mutation en commun par rapport à BA.1 et BA.2, les formes d’Omicron dominantes en France.

Comme le montre le graphique ci-dessous, on se rend compte avec cette méthode que la part de BA.4 et BA.5 augmente fortement. Près d’un cas sur trois de coronavirus est aujourd’hui dû à ces sous-variants, probablement BA.5 en majorité, au vu des résultats des enquêtes flash.

Deux vagues à l’étranger, mais...

“La présence de ces variants pourrait entraîner une augmentation globale significative des cas de COVID-19 dans l’UE au cours des semaines et des mois à venir”, notait déjà l’ECDC mi-mai. Le graphique ci-dessous, qui sépare les contaminations BA.2 et BA4 ou BA.5, permet de se rendre compte de l’avancée en sous-marin de ces sous-variants en France.

Les jours fériés et les différences d’échelles peuvent rendre difficile la lecture de ce graphique. Le suivant permet de voir cette fois l’évolution en pourcentage sur 7 jours des suspicions de cas liés à BA.2 et BA.5.

BA.4 et BA.5 ont déjà provoqué une vague de contaminations en Afrique du Sud qui a démarré le 1er avril, suivi d’une hausse des hospitalisations et des décès. Le pic des cas a été atteint un mois plus tard. Mais pour le moment, l’impact hospitalier a été plus limité que lors des précédentes vagues.

BA.4 et BA.5 se sont également imposés un peu plus tard au Portugal, entraînant là aussi une hausse des contaminations qui a démarré début mai et est toujours en cours. Les hospitalisations et les décès augmentent également dans le pays.

Il n’est pourtant pas dit que ces sous-variants d’Omicron entraîneront des hausses similaires s’ils s’imposent en France. Plusieurs facteurs rentrent en jeu, notamment le nombre de contacts, mais aussi l’immunité de la population.

Or, sur ce point, la France se distingue quelque peu de l’Afrique du Sud et du Portugal: après BA.1, le variant BA.2 a contaminé de nombreuses personnes. Santé publique France, dans une analyse publiée le 18 mai, rappelle à ce sujet que “BA.4 et BA.5 sont génétiquement plus proches de BA.2 que de BA.1, et BA.2 pourrait donc conférer une meilleure protection contre BA.4 et BA.5”.

Pour résumer, on peut dire sans se tromper que la décrue de la 6e vague est stoppée en France, en partie à cause de l’implantation des variants BA.4 et BA.5, suspectés de réussir à réinfecter des personnes normalement immunisées. Mais il est aujourd’hui difficile de dire à quel point les surcontaminations dues à ces nouvelles versions d’Omicron vont entraîner une hausse importante des cas.

Et même si une augmentation importante a lieu, comme en Afrique du Sud et au Portugal, l’impact sur l’hôpital est encore plus difficile à prédire. Si l’immunité induite par les vaccins et les infections antérieures diminue toujours fortement le risque de formes graves, les conséquences sanitaires d’une 7e vague seront limitées. Pour répondre à ces questions, il faut se montrer patient et scruter l’évolution des indicateurs dans les semaines à venir.

À voir également sur Le HuffPost : les liens entre variole du singe et Covid ne sont pas ceux auxquels vous pensez

SCIENCE - Une accalmie de courte durée? Depuis des semaines les cas de Covid-19 étaient en nette baisse en France... Mais les contaminations ont arrêté de chuter. Les cas repartent même à la hausse ces derniers jours, faisant craindre une 7e vague de coronavirus dans l’Hexagone.

Ce vendredi 3 juin, la Direction générale de la santé dénombrait 19.451 tests positifs quotidiens en moyenne sur la semaine passée. Un chiffre en hausse de 20% sur sept jours, comme on peut le voir sur les graphiques ci-dessous.

Ce frémissement devra être confirmé ces prochains jours dans les chiffres plus précis de Santé publique France, qui répertorie les cas positifs en fonction du jour du test, mais avec un délai supplémentaire. Déjà, la courbe stagne et ne baisse plus. Comme celles des hospitalisations ou des décès dus au Covid. Le taux de positivité, lui, grimpe doucement.

Épiphénomène ou début d’une nouvelle vague importante? Il est trop tôt pour le dire, mais il est fort probable que le nombre de cas continue de progresser ces prochains jours. Quant aux causes, elles sont multiples, mais l’un des principaux coupables est un variant, encore une fois. Ou plutôt deux sous-variants d’Omicron, BA.4 et BA.5, qui ont déjà provoqué des vagues de contaminations importantes dans d’autres pays.

BA.5 et BA.4 s’imposent en France

Cet hiver, le tsunami Omicron avait été suivi par une plus petite vague de contaminations , portée principalement par le relâchement des restrictions couplé à la survenue de BA.2, un sous-variant d’Omicron plus contaminant.

Depuis début mai, deux autres sous-variants sont en train de s’imposer en France: BA.4 et BA.5. Détectés tous les deux pour la première fois en Afrique du Sud (où Omicron a également été séquencé en premier), ces deux variants ont un avantage sur les précédentes versions d’Omicron.

“Probablement grâce à leur capacité à échapper à une immunité acquise par une infection et/ou la vaccination, notamment si celle-ci a diminué avec le temps”, note le Centre européen de contrôle des maladies (ECDC) dans un rapport du 13 mai.

En France, 5% des contaminations pour lesquelles le génome du coronavirus est séquencé sont liées à BA.5 et 0,8% à BA.4, selon Santé publique France. Mais le séquençage prend du temps et la dernière analyse porte sur les contaminations antérieures au 23 mai.

Il est possible, via le criblage des tests, de détecter plus rapidement une suspicion d’infection aux sous-variants BA.5 et BA.4, qui ont tous les deux une mutation en commun par rapport à BA.1 et BA.2, les formes d’Omicron dominantes en France. Comme le montre le graphique ci-dessous, on se rend compte avec cette méthode que la part de BA.4 et BA.5 augmente fortement.

Deux vagues à l’étranger, mais...

“La présence de ces variants pourrait entraîner une augmentation globale significative des cas de COVID-19 dans l’UE au cours des semaines et des mois à venir”, notait déjà l’ECDC mi-mai. Le graphique ci-dessous, qui sépare les contaminations BA.2 et BA4 ou BA.5, permet de se rendre compte de l’avancée en sous-marin de ces sous-variants en France.

BA.4 et BA.5 ont déjà provoqué une vague de contaminations en Afrique du Sud qui a démarré le 1er avril, suivi d’une hausse des hospitalisations et des décès. Le pic des cas a été atteint un mois plus tard. Mais pour le moment, l’impact hospitalier a été plus limité que lors des précédentes vagues.

BA.4 et BA.5 se sont également imposés un peu plus tard au Portugal, entraînant là aussi une hausse des contaminations qui a démarré début mai et est toujours en cours.

Il n’est pourtant pas dit que ces sous-variants d’Omicron entraîneront des hausses similaires s’ils s’imposent en France. Plusieurs facteurs rentrent en jeu, notamment le nombre de contacts, mais aussi l’immunité de la population.

Or, sur ce point, la France se distingue quelque peu de l’Afrique du Sud et du Portugal: après BA.1, le variant BA.2 a contaminé de nombreuses personnes. Santé publique France, dans une analyse publiée le 18 mai, rappelle à ce sujet que “BA.4 et BA.5 sont génétiquement plus proches de BA.2 que de BA.1, et BA.2 pourrait donc conférer une meilleure protection contre BA.4 et BA.5”.

Pour résumer, on peut dire sans se tromper que la décrue de la 6e vague est stoppée en France, en partie à cause de l’implantation des variants BA.4 et BA.5, suspectés de réussir à réinfecter des personnes normalement immunisées. Mais il est aujourd’hui difficile de dire à quel point les surcontaminations dues à ces nouvelles versions d’Omicron vont entraîner une hausse importante des cas.

Et même si une augmentation importante a lieu, comme en Afrique du Sud et au Portugal, l’impact sur l’hôpital est encore plus difficile à prédire. Si l’immunité induite par les vaccins et les infections antérieures diminue toujours fortement le risque de formes graves, les conséquences sanitaires d’une 7e vague seront limitées. Pour répondre à ces questions, il faut se montrer patient et scruter l’évolution des indicateurs dans les semaines à venir.

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