SCIENCE - Démarrée début juin, on peut dire ce mardi 26 juillet que la 7e vague de Covid-19 en France a atteint son pic . Du côté des cas positifs comme des hospitalisations, les indicateurs sont à la baisse, comme vous pouvez le voir dans le graphique ci-dessous .

Une bonne nouvelle (si la tendance continue), car ce pic lié au variant BA.5 a tout juste égalisé celui lié à BA.2, bien loin de la première “vague Omicron”, provoquée par BA.1. Une bonne nouvelle aussi car, même si la situation au Portugal et en Afrique du Sud permettait de ne pas trop s’alarmer, c’était la première vague pour laquelle le Conseil scientifique (et donc le gouvernement) n’avait pas de modélisation sur laquelle s’appuyer.

Et pour le moment, l’Institut Pasteur n’a pas de modèle non plus pour les futures vagues qui arriveront sans doute dès que l’été sera passé et que notre immunité aura doucement diminué.

Cela n’a pas empêché le Conseil scientifique , dans son dernier avis rendu le 19 juillet et détaillé dans une conférence de presse, de travailler sur trois scénarios pour l’automne. Mais ces trajectoires sont très génériques: un retour des variants existants, un variant descendant d’Omicron ou bien, pire, un variant très différent et possiblement bien plus dangereux.

Des modèles devenus trop complexes

Mais pourquoi le Conseil scientifique n’a-t-il plus de projections lui permettant d’anticiper? “Cette vague BA.5 était la première où nous n’avions pas de modèle, car au cours des deux dernières années, nous avons démarré avec des modèles simples, qui se sont complexifiés progressivement pour intégrer l’impact sur l’épidémie des variants, des vaccins, ainsi que la décroissance de l’immunité”, explique Simon Cauchemez, modélisateur à l’Institut Pasteur et membre du Conseil scientifique. “Ces modèles trop complexes sont aujourd’hui incertains”.

Pour faire des projections sur les courbes du Covid-19 ( plus de détails dans cette interview de Simon Cauchemez datant de 2020 ), on formule des hypothèses sur le virus (sa contagiosité, la durée de l’infection, la gravité, etc.), et sur la population cible (le nombre de personnes contaminables, le nombre de contacts à risque, l’âge, etc.).

Au début de l’épidémie, les choses étaient (malheureusement) simples: presque tout le monde pouvait attraper le Covid-19. Même après la première vague qui ne toucha que 5% de la population. Il n’y avait que deux moyens d’atteindre le pic. Soit laisser le virus se propager jusqu’à ce qu’il n’y ait plus suffisamment de personnes susceptibles d’être contaminées (en laissant donc des dizaines, voire centaines de milliers de personnes mourir). Soit prendre des mesures limitant nos contacts à risque afin de casser les chaînes de transmission du coronavirus.

Mais depuis, les choses ont évolué de bien des manières. D’abord, grâce aux vaccins, qui nous ont amené une protection très importante contre les formes graves et, de manière plus légère et plus éphémère, contre l’infection. Il y eut également les variants à intégrer aux modèles. Ce nouvel ensemble de mutations rendait-il le virus plus contagieux? Moins virulent? Capable d’échapper au vaccin? À une infection antérieure?

“On connaît mal l’immunité croisée entre les variants”

Tous ces paramètres ont complexifié les projections, mais les modélisateurs y voyaient toujours clair. “Jusqu’alors, vous pouviez simplifier en mettant les gens dans des cases. Les personnes vaccinées avec une dose, deux doses, un rappel, celles infectées disposant d’une immunité naturelle”, détaille Samuel Alizon, directeur de Recherche au CNRS, spécialiste de la modélisation des maladies infectieuses. “Mais les vagues Omicron ont fait exploser les catégories”.

Avec l’arrivée du très contagieux variant Omicron, la plupart des pays occidentaux, largement vaccinés, lassés par les confinements à répétition et incapables de mettre au point des mesures de freinage non coercitives, ont choisi de laisser filer l’épidémie. En faisant cela, nous avons accepté une vague très importante de cas, d’hospitalisation, mais avec un bilan bien moindre que pour les précédents variants sur une population non vaccinée. Il y eut également le vague et dérisoire espoir que cette vague serait la dernière , provoquant une “immunité collective”, empêchant le coronavirus de circuler.

Mais la réalité a, encore une fois, très vite rattrapé les minces espoirs. Cette immunité naturelle, on le savait déjà, ne dure pas éternellement. Elle diminue et s’efface au fil du temps (même si celle contre les formes graves semble se stabiliser après trois doses ou trois infections).

Et c’est en grande partie cela qui pose problème. “Si l’immunité vaccinale est facile à contrôler et à suivre, l’immunité naturelle est moins connue”, explique Samuel Alizon. Surtout avec la multiplication des variants et des situations. Dans quelle case mettre une personne vaccinée, contaminée 3 mois après, puis qui a eu un rappel en janvier? À quel point son immunité est-elle comparable à une personne infectée en 2020, vaccinée 2 fois en 2021, puis réinfectée par BA.1 en janvier 2022? Ou par BA.2 en mars?

“On connaît mal l’immunité croisée entre les variants, on a par exemple vu que BA.5 peut contourner une partie de l’immunité provoquée par une infection à BA.1”, illustre Samuel Alizon. Toutes ces cases deviennent donc très difficiles à gérer pour qu’un modèle épidémiologique puisse proposer des projections précises sans risquer de totalement se fourvoyer.

Simplifier sans dénaturer

Pourtant, il est toujours nécessaire d’anticiper au maximum. “La pandémie n’est pas terminée. Nous sommes face à un virus qui a une évolution génétique difficile à prédire”, a mis en garde Jean-François Delfraissy, le président du Conseil scientifique, en guise de préambule pour présenter son dernier avis.

Mais peut-on seulement adapter les calculs à cette nouvelle situation? “Les modèles d’aujourd’hui sont trop complexes et donc instables. Il faut trouver un compromis avec des modèles plus parcimonieux, en prenant en compte ces différents profils d’immunité. C’est un travail en cours”, explique Simon Cauchemez.

Dans un article prépublié le 15 juin, Samuel Alizon et deux collègues ont testé un nouveau concept afin de tenter de prendre en compte la baisse de l’immunité. “L’idée, c’est d’inclure dans le modèle depuis combien de temps les individus sont dans tel ou tel état, par exemple à combien de jour remonte leur dernière dose de vaccin”, explique-t-il. “Un des résultats est que même en l’absence de nouveau variant, on peut observer des vagues annuelles de grande ampleur liées à l’hiver et à la diminution (limitée) de l’immunité”.

Chose étonnante, les scénarios où l’on vaccine toute la population en même temps chaque automne entraînent un pic plus prononcé que si l’on ne propose un rappel qu’aux personnes âgées et fragiles (même si plus on vaccine, moins il y a de décès). La raison avancée par les chercheurs: en vaccinant tout le monde en même temps, le niveau d’immunité se synchronise. En clair, on a d’un coup de nombreuses personnes qui redeviennent susceptibles d’être infectées. Autre enseignement de l’étude, note le chercheur: “De plus, les interventions dites non-pharmaceutiques (amélioration de la qualité de l’air, port du masque, etc.) peuvent avoir une efficacité comparable à des campagnes vaccinales annuelles. Au final, la meilleure efficacité est obtenue en combinant ces interventions et des rappels vaccinaux.”

Évidemment, ce type de projection générale a des limites. “Plus on se projette dans le temps long, plus le modèle devient qualitatif”, précise Samuel Alizon. Or, ce que les autorités sanitaires souhaitent, ce sont des projections “quantitatives”. Pour faire simple, disons qu’un modèle qualitatif tente d’imaginer la tendance générale de la courbe du Covid-19 à long terme en fonction de diverses hypothèses. Le modèle quantitatif, lui, va essayer d’anticiper le nombre de personnes contaminées ou hospitalisées. “Mais dès que l’on dépasse le mois, ces modèles quantitatifs deviennent délicats au vu des nombreuses inconnues, et on doit quand même explorer des scénarios différents”.

Pour conclure, il faut rappeler que nous ne sommes évidemment pas démunis dans le suivi de cette pandémie. “Il nous faudra être vigilants par rapport aux prochaines émergences, car il est très difficile de dire les dates et l’ampleur des pics. Aujourd’hui, on observe ce qui se passe chez nos voisins et c’est très instructif”, rappelait lors de la conférence de presse Arnaud Fontanet, épidémiologiste et membre du Conseil scientifique. Encore faut-il que le futur variant dominant n’émerge pas en France. “Si nous sommes en première ligne, ça sera difficile, il faudra garder en tête la possibilité d’une émergence un peu plus disruptive”.

À voir également sur Le HuffPost : Pourquoi la vaccination des plus de 60 n’a rien de superflu

SCIENCE - Bis repetita . Alors même que la 7e vague de Covid-19 semble atteindre un pic en France, les virologues ont les yeux rivés sur l’Inde, où un variant très intrigant a été découvert: BA.2.75 . Comme toujours, s’il attire l’attention des chercheurs, c’est pour plusieurs raisons.

D’abord, car il dispose de mutations sur des zones clés du coronavirus, qui font craindre un échappement immunitaire important, ou encore une meilleure transmissibilité. Ensuite, parce que BA.2.75 semble s’imposer petit à petit en Inde face aux autres variants Omicron dominants. Il est pour autant possible que ce variant n’arrive pas à s’imposer, seuls le temps et le suivi permettront d’en avoir le cœur net.

Mais même si BA.2.75 ne s’impose pas partout dans le monde, il sera suivi de près par les chercheurs. Car ce variant est unique. C’est le premier véritable descendant d’Omicron.

Variant de “seconde génération”

“C’est la première fois qu’on voit émerger un variant de seconde génération, c’est-à-dire dérivant d’un variant déjà préoccupant, BA.2, avec de nombreuses mutations sans explications”, explique au HuffPost , Étienne Simon-Lorière, responsable de l’unité Génomique évolutive des virus à ARN à l’Institut Pasteur.

Jusqu’alors, tous les variants qui se sont imposés étaient indépendants les uns des autres. Omicron n’était pas le descendant de Delta, qui n’était pas non plus le successeur d’Alpha. “Jusqu’ici, les variants apparaissaient sans que l’ancêtre le plus proche soit connu, presque tous revenaient à un ancêtre commun se rapprochant de la souche originelle de 2019”, rappelle le microbiologiste.

C’est également le cas de BA.2 et BA.5. Si le terme “sous-lignage” peut faire croire que ces variants, qui se sont imposés en France sont des descendants de l’Omicron originel, qui a provoqué l’énorme vague de cas en janvier, il n’en est rien. “Aucun de ces variants ne découle des autres. On pense qu’il existe un réservoir commun dans lequel se sont développées ces différentes versions d’Omicron”, détaille Étienne Simon-Lorière.

L’hypothèse la plus probable, c’est qu’une ou plusieurs personnes immunodéprimées ont été infectées il y a longtemps par une version antérieure du coronavirus qui a eu le temps de muter pendant des mois, jusqu’à acquérir par hasard un ensemble de mutations permettant au virus d’infecter mieux et différemment les humains, notamment ceux vaccinés ou déjà contaminés. Dans cet (ou ces) hôte, le virus a continué de muter, produisant BA.1, BA.2, BA.3, BA.4, BA.5… bref, tous les “sous-variants” d’Omicron.

Un échappement immunitaire différent

La grande nouveauté de BA.2.75, c’est donc qu’il descend directement d’un variant préoccupant, BA.2. “On a ici la confirmation que le virus peut encore changer de beaucoup de façons, y compris après s’être engagé dans une voie très précise”, précise le microbiologiste. “Cela nous montre la plasticité du Sars-Cov2 et qu’on est loin d’en être débarrassé”.

Si la survenue de BA.2.75 est une mauvaise nouvelle théorique, son impact réel reste à démontrer. Au vu du profil des mutations, notamment celles sur la protéine Spike qui permet au virus de pénétrer dans nos cellules, il y a un risque. “Il y a de bonnes chances que ce variant dispose d’un profil d’échappement immunitaire différent de BA.5, ce qui veut dire qu’une fraction différente de la population pourrait être plus susceptible d’être réinfectée”, note Étienne Simon-Lorière.

Du côté des bonnes nouvelles par contre, même si BA.2.75 s’impose et domine la probable vague qui touchera l’Europe entre l’automne et l’hiver, cela ne veut pas dire qu’il sera plus sévère. “Avec ces changements dans le génome du virus, on ne s’attend pas à voir d’échappement contre les formes sévères, ce qui veut dire que les vaccins seront toujours aussi efficaces”, espère le microbiologiste.

Une dominance qui reste à prouver

Reste à savoir si BA.2.75 s’imposera effectivement. Pour le moment, moins de 200 génomes ont été séquencés, majoritairement en Inde. De nombreuses analyses montrent que ces séquences se multiplient et pourraient signifier que ce sous-lignage a un avantage compétitif par rapport aux autres.

Cela ne veut pas dire que BA.2.75 va prendre le pas sur les autres versions du coronavirus. D’abord, comme toujours, la multiplication de ce variant peut être liée à la chance, avec par exemple un événement superpropagateur qui décuple le nombre de cas.

Ensuite, il est possible que ce variant s’impose en Inde, mais pas ailleurs, pour de multiples raisons. On peut notamment citer le fait que le variant dominant en Inde soit BA.2. Il serait donc possible que ce nouveau lignage ait un avantage sur BA.2 (qui a relancé la vague de cet hiver en France), mais que sa transmission soit moindre que BA.5, qui est devenu le variant dominant dans l’Hexagone.

“Les mois à venir devraient nous montrer, en Inde et dans d’autres régions, si BA.2.75 a un avantage sur BA.5. Pour l’instant, le nombre de séquences est trop faible et les données trop éparses”, explique Étienne Simon-Lorière. “Si BA.2.75 finit par s’imposer, il serait logique que le schéma soit similaire à ce qu’il s’est passé pour Delta”.

L’année dernière, à peu près à la même période, l’Inde était touchée par une importante vague de Covid-19, portée en partie par l’émergence d’un variant plus contagieux et plus sévère, le variant Delta. Il a ensuite dominé le monde, d’abord par les pays ayant des liens importants avec l’Inde, comme le Royaume-Uni, puis s’est imposé en France quelques semaines plus tard. Aujourd’hui, une dizaine de cas de BA.2.75 ont été séquencés outre-Manche. L’évolution de la situation chez nos voisins dans les semaines à venir permettra très probablement de prédire ce qui se passera ensuite en France cet hiver.

À voir également sur Le HuffPost : pourquoi la vaccination des plus de 60 n’a rien de superflu